内镜室为国家消化道早癌防治中心联盟单位、枣庄市消化道肿瘤早诊早治重点实验室、结肠镜规范化培训项目基地，承担全院消化、呼吸等多学科内镜诊疗，以及淮河流域消化道早癌筛查及消化道早癌机会性筛查工作，为区域规模领先的消化内镜诊疗及培训中心。年完成内镜诊疗数4万余例次，内镜下治疗500多例次，日间手术4000余例次，无痛内镜占比超80%，累计完成消化道早癌筛查19000余例次。

常规开展普通及无痛胃肠镜检查、支气管镜检查、胶囊内镜检查、超声内镜检查、放大内镜及染色内镜检查等项目。特色技术涵盖内镜黏膜下剥离术（ESD）、内镜黏膜切除术（EMR）、超声内镜引导下穿刺活检（EUS-FNA）、内镜下止血术、内镜下扩张术、内镜下支架置入术、食管胃底静脉曲张镜下治疗、支气管镜下肿物切除术、经支气管镜热蒸汽肺减容术、胸腔镜下胸膜活检术及胸膜粘连松解术等内镜手术。

中心践行“早筛、早诊、早治”理念，建立规范化筛查-诊疗-随访体系，开设24小时急诊内镜绿色通道，为急危重症患者提供及时有效的内镜诊疗服务。

科室设有内镜诊疗室、复苏室及清洗消毒间，并配置专门的内镜转播系统。拥有奥林巴斯高清电子内镜系统，包括电子胃镜、结肠镜、十二指肠镜、小肠镜、超声内镜、放大内镜、支气管镜等。配备爱尔博高频电刀、氩气刀等内镜治疗设备，以及全自动内镜清洗消毒系统及内镜清洗工作站，实现内镜清洗、消毒、存放的专业化管理。

承担我市及周边区域进修医师培养，以及济宁医学院等院校实习带教任务，多次承办消化内镜学术会议及培训班。